Euroopan komission tutkimuspääosaston pääjohtaja Robert Jan-Smits sekä FP9-valmisteluista vastaava johtaja Kurt Vandenberghe ovat molemmat esittäneet uusia aikataulutuksia yhdeksännen puiteohjelman valmisteluihin liittyen. Komissio tekee ehdotuksensa tulevasta puiteohjelmasta vasta vuoden 2018 kesällä eikä tämän vuoden lopulla, kuten aiemmin on ilmoitettu. Aikataulujen osalta ollaan myöhässä noin 4-6kk, joka tarkoittaa myös julkisen sidosryhmäkuulemisen lykkääntymistä ensi vuoden alkuun sekä vaikutusten arvioinnin siirtymistä ensi kevääseen. Smits eikä Vanderberge kumpikaan esittäneet erityisiä perusteluita aikataulujen myöhästymisille, mutta selvää on, että lykkääntymiset ovat Brexitistä johtuvia. Ongelman keskiössä on ennen kaikkea EU:n monivuotisten rahoituskehysesityksen myöhästyminen, sillä EU:n budjetti ja jäsenmaksut on neuvoteltava uusiksi brittien lähdön myötä. Budjettineuvottelut eivät koske pelkästään tulevaa ohjelmakautta vaan käytännössä EU-budjetti on tarkasteltava ja myös kohdennettava uudelleen vielä kuluvan ohjelmakauden aikana.
Pahimmassa tapauksessa koko seuraava ohjelmakausi pääse käynnistymään myöhässä ja niin myös tutkimuksen puiteohjelmakin. Smitsin mukaan vuoden aukko puiteohjelmien välillä tarkoittaisi noin 10 mrd. euron menetystä tutkijoille. Toisen tilannetta spekuloivan analyysin mukaan Horisontti2020-ohjelmaa voitaisiin mahdollisesti jatkaa lisävuodella, noin 15% pienemmällä budjetilla tosin. FP9:n budjetista Smits on todennut, että hän toistaa puheissan europarlamentaarikkojen Christian Ehlerin ja Jerzy Buzekin esitystä 100 mrd. eurosta ja toivoo, että tästä tulisi itseään toteuttava ennustus.
Smitsin mukaan ERC:n tulisi saada rahoitusta tulevassa puiteohjelmassa enemmän kuin aiemin (nykyinen ohjelmakausibudjetti on 13 mrd €) ja kutsui Euroopan tutkimusneuvostoa EU:n tutkimuksen päämenestystarinaksi. Smitsin mukaan ensimmäisen pilarin ekselenssipohjaiset kilpailut tulevat pysymään tulevassakin puiteohjelmassa. Myös Vandenberge korosti puheessaan huippututkimuksen ja ERC.n merkitystä. Vandenbergenin mukaan komissioon kohdistuu kahdenlaista painetta; toisaalta tutkimusorganisaatiot haluavat laajalti pitää puiteohjelman sellaisenaan tulevallakin ohjelmakaudella ja toisaalta komissiolta pyydetään suuria muutoksia, jotta puiteohjelmalla saavutettaisiin suurempaa vaikuttavuutta.